Além das funções de edição de imagem, anotação, aprimoramento e arquivamento, o MCID oferece funções totalmente configuradas para microscopia de fluorescência, costura automatizada de imagem, autoradiografia quantitativa e de corpo inteiro, análise de gel/blot, grão & célula contagem e estereologia. O sistema suporta uma ampla variedade de câmeras CCD, microscópio automatizado estágios, persianas, rodas de filtro e outros periféricos. Um editor de macro orientado a objeto simplifica a operação em tarefas repetitivas.

MCID é ideal para uma facilidade da imagem latente do núcleo. É uma questão simples para criar um ambiente de análise de imagem distribuída em que você pode analisar imagens em qualquer computador. Neste ambiente de imagem unificada, as ferramentas de software só precisam ser aprendidas uma vez, e a troca de imagens e dados entre sistemas é completamente transparente.