Ao contrário da biblioteca de ionização eletrônica de moléculas pequenas do NIST, que contém um espectro por estrutura molecular, existem vários modos diferentes de fragmentação (as células de colisão de íons e de colisão do tipo “feixe” são atualmente os dispositivos de fragmentação mais usados) que resultam em espectros com diferentes padrões dependentes de energia. Isso resulta em várias bibliotecas espectrais, diferenciadas pelo modo de ionização, cada uma das quais pode conter vários espectros por peptídeo. Também foram montadas bibliotecas diferentes para peptídeos derivados iTRAQ-4 e para peptídeos fosforilados. A separação de bibliotecas por espécie animal reduz o tempo de pesquisa, embora os pesquisadores possam optar por incluir várias espécies em suas pesquisas.

Atualmente, existem menos de 4,3 milhões de espectros nas bibliotecas, representando 1,26 milhão de entidades diferentes (modo de fragmentação de sequência de peptídeo derivado). Várias das maiores bibliotecas resultaram de dados coletados por laboratórios que colaboraram no Consórcio de Análise de Tumores Proteômicos Clínicos dos Institutos Nacionais de Câncer (CPTAC) [ver http://proteomics.cancer.gov/]. Os laboratórios da CPTAC realizaram mais de 6.000 execuções 2D-LC / MS / MS de amostras de tumor humano e xenoenxerto de camundongo humano produzindo >91 milhões de espectros de MS/MS. Para reduzir a variabilidade introduzida por diferentes plataformas de análise de dados, o NIST criou uma Plataforma Comum de Análise de Dados (CDAP).

Por que eles são úteis:

• Uma biblioteca de espectro de referência fornece um recurso sensível, confiável, rápido e abrangente para identificação de peptídeos, aproveitando os dados encontrados, identificados e anotados anteriormente.
• Uma biblioteca de espectro de massa de peptídeo pode ser usada para:
• Identificação direta de peptídeos
• Validando peptídeos identificados por programas de pesquisa de sequência
• Organização e identificação de espectros recorrentes e não identificados.
• Detecção sensível e de alta confiabilidade de padrões internos, biomarcadores e proteínas alvo
• Subtraindo um componente de um espectro de mistura