SSE

Há uma necessidade crescente de desenvolver ferramentas de bioinformática para organizar e analisar a quantidade crescente de dados de sequência de nucleotídeos e aminoácidos em organismos que vão desde vírus até eucariotas. SSE fornece um ambiente integrado onde as sequências podem ser alinhadas, anotadas, classificadas e diretamente analisadas por uma série de programas de bioinformática incomportada. SSE incorpora um editor de sequência para a criação de alinhamentos de sequência, um processo assistido por programas de alinhamento integrados e remoção automatizada de indels.

As sequências podem ser totalmente anotadas e classificadas em grupos, anotadas em sequências e grupos de sequências e acessadas de programas analíticos que analisam a diversidade, nucleotídeos e composição de nucleotídeos, uso de códon, recombinação e estrutura secundária de RNA. Métodos para analisar a diversidade de sequência incluem medidas de divergência e distâncias evolutivas, parcelas de identidade para detectar regiões de nucleotídeos ou homologia de aminoácidos, reconstrução de alterações de sequência, composição de nucleotídeos e utilização de codões.

A associação de cálculos do índice e os escaneamentos realizam análises filogenéticas que conciliam a associação de grupo com ordens de ramificação da árvore e fornecem métodos poderosos para analisar a segregação de alelos e detecção de eventos de recombinação.

As estruturas secundárias e terciárias de RNA desempenham papéis importantes na expressão dos genes e na replicação do vírus de RNA. Para este último, a persistência da infecção está adicionalmente relacionada com a estrutura secundária do RNA presente em todo o RNA genômico viral que modula interações celulares com defesas inatas. SSE fornece vários programas para digitalizar alinhamentos para a estrutura secundária do RNA através de dobrar cálculos termodinâmicos de energia e métodos filogenéticos (detecção de mudanças co-variantes e conservação da estrutura entre sequências divergentes). Estas análises complementam os métodos de detecção com base em constrangimentos de sequência, tal como a supressão da variabilidade local de sinônimos.

Para cada programa, os resultados podem ser plotados em tempo real durante a análise através de um pacote de gráficos integrados, oferecendo gráficos de qualidade de publicação. Os resultados podem também ser direcionados para arquivos de dados tabulados de importação para programas de planilha ou banco de dados para análise posterior.