Strand NGS 

Fabricante: Strand Genomics

Strand NGS é uma plataforma integrada que fornece ferramentas de análise, gerenciamento e visualização para a próxima geração de sequenciamento de dados. Ele suporta workflows para sequências de RNA, sequências de DNA, sequências ChIP, sequências Methyl, sequências MeDIP e pequenas sequências de RNA.

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RNA-Seq

Faça a quantificação de genes, exon e níveis de transcrição. Identifique novos eventos, genes expressos diferencialmente, fusões de genes e formas de junção.

DNA-Seq

Strand NGS permite a detecção de SNPs, InDels, CNVs e outros SVs. As previsões funcionais podem ser feitas usando SIFT, Polyphen2, LRT, MutationTaster e posteriormente anotadas com informações de dbSNP, COSMIC etc.

ChIP-Seq

Detecte picos usando PICS e MACS. Identifique locais de ligação de regulação de TF, genes afetados e sites de modificação de histonas. Descubra motivos significativos e os verifique contra JASPAR.

RNA-Seq pequena

Strand NGS suporta a quantificação de pequenas espécies de RNA incluindo miRNA, snRNA, snoRNA e scRNA. Ele também ajuda a identificar genes expressos diferencialmente e seus correspondentes alvos de mRNA.

Methyl-Seq

Strand NGS suporta detecção de metilação, análise de metilação diferencial em amostras / regiões-alvo e interpretação biológica na lista de genes afetados via GO, análise de caminhos etc.

Interpretação biológica

Strand NGS fornece suporte para análise de via, enriquecimento GO, GSEA, GSA e redes de interação derivadas de PNL.

Server Edition

A Server Edition fornece armazenamento centralizado, computação escalável e permite a análise colaborativa.