MLwiN é um pacote de software para a montagem de modelos multinível. Uma característica importante do MLwiN é a sua interface gráfica. Estas permitem que o usuário facilmente configure, ajuste e manipule modelos.

Há janelas para a manipulação de dados, plotagem, visualização de progresso de iterações etc. As previsões dos modelos podem ser especificadas diretamente usando a notação padrão estatística com links diretos para vários tipos de gráficos derivados, que são atualizados automaticamente ao alterar os parâmetros do modelo. Da mesma forma, estimativas residuais e funções podem ser linkadas diretamente aos gráficos posteriormente, por exemplo, para diagnósticos modelo.